Le proposte devono essere presentate secondo le modalità e la scadenze definite dalle messe a concorso (bandi) pubblicati nella Gazzetta ufficiale delle Comunità europee e dal sito di Cordis e specificate nei programmi di lavoro (workprogramme). I bandi possono comportare una procedura di valutazione articolata in una sola fase oppure in due fasi. In quest’ultimo caso, qualora una versione sintetica della proposta sia valutata positivamente nella prima fase i proponenti interessati dovranno presentare una proposta completa nella seconda fase.
Per molte attività del Programma è adottato il meccanismo di inviti a presentare proposte con termine di presentazione fisso ('fixed deadline proposals'). Per alcune attività, invece, sono previsti inviti permanenti ('continuos submission scheme') con date intermedie di valutazione.