Il contratto con la Commissione fissa i diritti e gli obblighi dei partecipanti, indicando tutte le disposizioni per la realizzazione scientifica, tecnologica e finanziaria dell'azione. Il contratto indica pure eventuali aggiornamenti degli obiettivi, le variazioni della composizione del consorzio, il versamento del contributo finanziario della Comunità, le regole di diffusione e di valorizzazione.
Il contratto entrerà in vigore al momento della firma da parte della Commissione e del coordinatore. La firma dei partner seguirà quindi in un secondo tempo, sarà il coordinatore che si assumerà l’incarico di farlo firmare a tutti gli altri partecipanti. Tutti gli altri contraenti devono firmare il contratto entro un tempo specificato dallo stesso (generalmente 60 o 90 giorni) utilizzando il form A (allegato IV del contratto tipo).
La data di inizio del contratto (data in cui le attività possono iniziare ed i costi relativi possono essere attribuiti al progetto) è specificata nel testo del contratto. Una data di inizio antecedente all'entrata in vigore può essere concordata, ma generalmente è successiva.

I partecipanti avranno come primo obbligo quello di rispettare i termini di attuazione del progetto.

Ogni partecipante che aderisce al contratto diviene titolare, nei confronti della Comunità, dei diritti e degli obblighi spettanti ai partecipanti.

I documenti per la preparazione del contratto sono composti da 2 parti:

Contract Preparation Forms (CPF)

Si tratta di form amministrativi che descrivono nel dettaglio i dati forniti nella presentazione della proposta, in particolare:

• informazioni dettagliate sullo status legale dei partecipanti e dimensioni delle organizzazioni;
• dichiarazione da parte di ciascun partecipante di non trovarsi in una delle condizioni per cui la Commissione non può firmare il contratto con tale organizzazione (fallimento, frode, ecc.);
• informazioni finanziarie e contributo comunitario richiesto per tipo di attività e partner;
• informazioni bancarie del coordinatore;
• bilanci semplificati e rendiconto degli utili e delle perdite (solo per alcuni partecipanti).

Le informazioni contenute nel CPF sono utilizzate per verificare lo status legale e finanziario dei partecipanti. La versione finale dei form finanziari sarà incluso come allegato al contratto. Il CPF varia da strumento a strumento.

Descrizione del lavoro
Si tratta della base per l'allegato I del contratto. La negoziazione può riguardare qualsiasi aspetto scientifico, legale o finanziario della proposta sulla base dei commenti degli esperti indipendenti e di ogni altra eventuale questione presa in considerazione durante l'elaborazione della graduatoria finale. Inoltre, gli aspetti scientifici possono includere revisioni del programma di lavoro e aggiustamenti ad esso risultanti dalla valutazione o da altre richieste della Commissione.

Il contratto stabilisce diritti e obblighi di tutti i partecipanti. Tutti i contratti sono basati su un contratto tipo standard che presenta la seguente struttura:

Contratto tipo che fissa la composizione ed evoluzione del consorzio, l'entrata in vigore e la durata del progetto, contributo comunitario, modalità di rapporto dei pagamenti e clausole speciali.

• Allegato I: descrizione generale del lavoro (allegato tecnico).
• Allegato II (Condizioni Generali): realizzazione del progetto, indicazioni finanziarie e diritti di proprietà intellettuale.
• Allegato III: indicazioni speciali (solo per alcuni strumenti).
• Allegato IV: Form A - consenso dei contraenti all'accesso al contratto (firmato da ciascun partner).
• Allegato V: Form B - adesione al contratto di nuovi soggetti giuridici (solo per i Progetti Integrati e le Reti di Eccellenza).
• Allegato VI: Form C - dichiarazione finanziaria per ciascuno strumento (compilata periodicamente da ciascun contraente).

Per qualsiasi modifica del consorzio nel corso del progetto, il contratto dovrà essere emendato.

Il progetto è organizzato in periodi con un piano dei lavori dettagliato e dei deliverables che dovranno essere prodotti Alla fine di ogni periodo la Commissione richiederà dei “report” e controllerà quindi il rispetto del contratto. Se i termini sono rispettati procederà al pagamento per un nuovo periodo. In caso di mancato rispetto dei termini del progetto la Commissione può sospendere il suo contributo. È quindi importante presentare un piano realistico e preciso di attuazione e rispettare le date stabilite dal contratto.