I coordinatori delle proposte che hanno superato positivamente la fase di valutazione sono contattati per l'avvio delle negoziazioni di finanziamento.

Oltre all' Evaluation Summary Report, i proponenti possono ricevere delle richieste per ulteriori informazioni di carattere amministrativo necessarie alla stesura della bozza di contratto e per l'inserimento di modifiche di natura tecnica od organizzative come da suggerimento degli esperti del gruppo di valutazione.
La negoziazione può riguardare gli aspetti scientifici, giuridici o finanziari della proposta:

• Gli aspetti scientifici: revisioni e modifiche del contenuto del progetto secondo le osservazioni mate dalla valutazione o da altre esigenze della Commissione.
• Gli aspetti giuridici: definizione delle condizioni speciali previste dal progetto o altri aspetti concernenti l'elaborazione del contratto finale (tipicamente la data di inizio delle attività, il calendario per la rendicontazione, i certificati di audit e altri requisiti amministrativi e contabili).
• Gli aspetti finanziari: negoziazione dell'importo del contributo comunitario, del valore dell'anticipo iniziale, del calendario dei pagamenti e, se necessario, delle eventuali garanzie che possono essere richieste dalla Commissione.

Una volta completate le procedure viene adottata la decisione di selezione, in base alla quale la Commissione sottoscrive il contratto con il coordinatore e gli altri contraenti ed avvia così il meccanismo per l'erogazione dei finanziamenti.