Gli organi del Fondo Nazionale sono i seguenti (vedi la figura).



Il Consiglio di Fondazione
Definisce la politica generale del FNS e decide sui documenti di pianificazioni, come il piano pluriennale. E’ composto da rappresentanti delle scuole universitarie, delle organizzazioni scientifiche, delle autorità federali e cantonali, delle istituzioni culturali ed economiche per un massimo di 50 membri. Al suo interno un comitato di 15 membi è incaricato dell’elezione dei membri del consiglio della ricerca, della pianificazione finanziaria a breve termine e dei regolamenti principali per il funzionamento del FNS.

Il consiglio nazionale della ricerca
E' ’organo scientifico del FNS che decide sulle richieste di finanziamento per attività di ricerca. Inoltre si occupa della definizione dei diversi strumenti di finanziamento, delle procedure di valutazione e della ripartizione del budget fra i diversi strumenti e discipline scientifiche. E’ composto al massimo da 100 ricercatori attivi in Svizzera, in grande maggioranza professori di università svizzere.
E’ organizzato in quattro divisioni, tre per i principali gruppi di discipline scientifiche – scienze umane e sociali, scienze naturali e tecniche, biologia e medicina – ed una per i programmi di ricerca.
Inoltre dal 2008 il CNR può formare delle commissione specializzate per trattare dei temi che interessano diverse divisioni; per il momento sono attive le commissioni seguenti:

• Commissione per l'interdisciplinarietà
• Commissione per il sostegno ai ricercatori individuali
• Commissione per la cooperazione internazionale.

All'intero delle divisioni esistono pure commissione specializzate come la Commissione DO-RE alle Divisione I per il sostegno alla ricerca orientata alla pratica nelle SUP.

Commissioni di ricerca delle università svizzere (fra cui la Commissione della ricerca dell’Università della Svizzera italiana)
Esse rappresentano il referente del FNS presso le scuole universitarie svizzere. Attribuiscono autonomamente le borse per ricercatori esordienti e formulano un parere sui progetti di ricerca ordinari e sulle borse per ricercatori avanzati.

Il segretariato
E’ incaricato di tutte le questioni amministrative e finanziarie e, in particolare, della gestione del processo di valutazione delle proposte e dei sussidi di ricerca. Inoltre è incaricato delle relazioni del FNS con altri organi della politica della ricerca svizzera e della comunicazione al pubblico sulle attività del fondo attraverso uno specifico servizio stampa.