I diversi strumenti di finanziamento del FNS hanno delle proprie regole sia per il tipo di progetti che possono essere finanziati che per le procedure di presentazione e di valutazione. Queste regole sono indicate nelle schede di ogni progetto.

Tuttavia alcuni principi generali valgono per gran parte degli strumenti.

1. Di regola i finanziamenti del FNS sono attribuiti sulla base di messe a concorso competitive con una scadenza fissata; fanno eccezione strumenti come i sussidi di pubblicazione o le conferenze scientifiche (almeno sei mesi prima della data della conferenza).

2. L e proposte possono essere presentate per via elettronica o cartacea. Per la sottomissione elettronica è necessario richiedere un conto di utilizzatore di regola almeno due settimane prima della scadenza; è poi possibile inserire tutti i dati via Web ed inviare elettronicamente la proposta; è però necessario stampare e firmare il messaggio di posta elettronica di conferma e inviarlo al FNS entro 5 giorni lavorativi dalla data limite.
La sottomissione cartacea è ancora possibile per alcuni strumenti di finanziamento: le proposte devono venire presentate sui formulari ufficiali del FNS (scaricabili dal sito) in originale firmato e spedite per posta al FNS a Berna. Per la data di sottomissione fa stato la data del bollo postale; per evitare disguidi si consiglia di spedire le proposte per lettera raccomandata.
Le proposte comprendono le tre parti seguenti:

• un formulario amministrativo con i dati sul richiedente ed il finanziamento richiesto;
• la parte scientifica che è libera ma deve seguire un indice standard dato dal FNS;
• degli allegati come il curriculum vitae dei richiedenti, una lista di possibili referee, ecc. (a seconda del tipo di progetto).

3. In linea principio le proposte possono essere presentate nelle tre lingue ufficiali (italiano, francese e tedesco) oppure in inglese. In particolare per le scienze naturali, la biologia ed i programmi internazionali è vivamente raccomandato l’uso dell’inglese, che in generale è consigliabile anche in quasi tutti gli altri casi. I formulari vanno riempiti al computer o con macchina da scrivere.

4. Salvo alcune limitate eccezioni (programmi di cooperazione internazionale) i finanziamenti del FNS sono destinati a ricercatori attivi in Svizzera (eventualmente per soggiorni all’estero nel caso delle borse), mentre di regola non possono essere finanziate organizzazioni di ricerca all’estero.

Valutazione delle proposte
le modalità di valutazione variano leggermente da strumento a strumento.
Per i progetti di ricerca libera la procedura è la seguente:

• la proposta viene attribuita ad un membro del consiglio della ricerca (relatore) che è responsabile di scegliere gli esperti esterni e di proporre una decisione al consiglio della ricerca;
• la proposta viene inviata per posta a degli esperti che redigono una valutazione sulla base dei criteri del FNS;
• il relatore riassume i risultati della valutazione e propone una decisione al consiglio della ricerca; in sede di discussione si tiene conto anche del budget disponibile per ogni settore scientifico, accanto alla valutazione della qualità scientifica della proposta;
• il proponente viene informato della decisione; in caso di risposta negativa ha la possibilità di ritirare la proposta e di ripresentarla ad una scadenza successiva;
• in caso di risposta positiva viene aperto il credito per il progetto.

Nel caso dei programmi nazionali di ricerca (PNR) la valutazione delle proposte è fatta dal comitato del programma, mentre il consiglio della ricerca della divisione IV ratifica la decisioni. Per i PNR, la procedura si svolge in due stati con dapprima la presentazione di uno schizzo di circa 5 pagine e quindi, per i progetti selezionati nella prima fase, di un progetto dettagliato.
Per altri strumenti come le borse valgono delle procedure diverse; per maggiori dettagli vedere le rispettive schede.