Il Fondo Nazionale ha sviluppato nel corso degli anni un insieme molto differenziato di strumenti di sostegno alla ricerca; i diversi strumenti sono presentati in dettaglio in singole schede. In maniera generale si possono però classificare nel modo seguente.

Sostegno a progetti di ricerca
E’ l’attività principale del FNS che copre oltre l’80% del budget complessivo. I finanziamenti sono attribuiti a dei gruppi di ricerca (rappresentati da un proponente, di solito un professore di un’università svizzera) per la realizzazione di un lavoro di ricerca della durata generalmente di 2-3 anni. I finanziamenti del FNS servono essenzialmente per pagare dei ricercatori (normalmente dei giovani dottorandi), in misura molto minore per costi di viaggio, di ricerca empirica e per equipaggiamenti.

1) I progetti di ricerca libera. Si tratta di progetti orientati essenzialmente alla produzione di nuovo sapere scientifico (diffuso poi attraverso pubblicazioni su riviste scientifiche) in tutte le discipline scientifiche. La scelta del tema è lasciata al proponente entro le tematiche e le discipline di ricerca accettate della comunità scientifica. Sono realizzati molto spesso entro un solo istituto di ricerca o da consorzi di 2-3 istituti al massimo. Questo strumento copre circa i 2/3 del budget totale con circa 1500 progetti approvati ogni anno. Le proposte possono essere presentate entro il 1o marzo o il 1o ottobre di ogni anno. La qualità scientifica del progetto ed il curriculum del proponente (pubblicazioni) sono i criteri principali di selezione.
Dal 2008 uno strumento specifico permette di finanziare progetti in cooperazione fra più università (progetti Sinergia).

2) I programmi nazionali di ricerca. Si tratta di programmi che coprono un settore specifico di rilevanza dal punto di vista sociale, economico o politico, come la politica linguistica, la gestione delle infrastrutture, la resistenza agli antibiotici. Ogni programma finanzia poi da 20 a 40 progetti di ricerca della durata di 2-3 anni, che si differenziano dai progetti di ricerca libera perché, accanto alla qualità scientifica, sono molto importanti la rilevanza per il programma complessivo e le prospettive di valorizzazione dei risultati. I singoli programmi vengono decisi dal Consiglio federale ed i progetti selezionati attraverso messe a concorso ad hoc.

3) I poli di ricerca nazionali. Sono delle reti di ricerca che hanno per obbiettivo di rafforzare la ricerca svizzera in settori scientificamente importanti e dove la ricerca svizzera ha già un livello di eccellenza internazionale. Ogni polo comprende diverse istituzioni di ricerca coordinate da una leading house e, al suo interno, si struttura in sottoprogetti. La durata dei poli è di 8-10 anni con un finanziamento di diversi mio. di franchi all'anno.

Finanziamento di persone
Il FNS dispone di un insieme di strumenti che permettono di finanziare dei giovani ricercatori all'inizio della carriera scientifica. Le borse per ricercatori esordienti e avanzate si rivolgono a giovani che desiderano svolgere un periodo di ricerca all'estero durante la loro tesi di dottorato oppure nel periodo immediatamente successivo. Dal 2008 il programma ambizione finanzia giovani post-doc di livello internazionale che desiderano svolgere una prima ricerca indipendente in Svizzera.
Per contro il programma di professori assistenti offre a ricercatori molto brillanti con un curriculum di eccellenza internazionale un finanziamento per la loro attività di ricerca in Svizzera per un periodo di 4 anni in modo da prepararsi ad una futura carriera di professori universitari.
Infine esistono diversi programmi più specializzati, sia per borse in ambiti specifici, sia per brevi soggiorni all'estero, sia per sostenere giovani ricercatrici che riprendono l'attività scientifica dopo un'interruzione dovuta a motivi familiari.
Infine, il programma PRO*DOC gestito congiuntamente dal FNS e dalla Conferenza dei Rettori delle Università Svizzere finanzia delle scuole dottorali in collaborazione fra diverse università, sostenendo sia la loro formazione sia la ricerca attraverso borse di dottorato.

Altri strumenti
Si tratta di una serie di strumenti puntuali che dispongono di un budget più limitato. I principali sono i sussidi per la pubblicazione di opere scientifiche (in particolare tesi di dottorato) ed i sussidi per l'organizzazione di conferenze scientifiche in Svizzera. Il FNS gestisce inoltre alcuni programmi specifici come la cooperazione internazionale (in collaborazione con la divisione dello sviluppo e della cooperazione), il programma di ricerca sull'AIDS ed il programma Do-RE per la ricerca nelle scuole universitarie professionali.