Accanto ai programmi gestiti dal FNS e dalla CTI, l'Amministrazione federale finanzia direttamente delle attività di ricerca legata ai suoi obiettivi politici. La cosiddetta "Ressortforschung" dell'Amministrazione federale è organizzata in 12 piani direttori, secondo i settori politici di intervento che coinvolgono più unità dell'Amministrazione. La Ressortforschung opera sia attraverso programmi specifici sia con mandati puntuali diretti.
L'attribuzione dei mandati avviene di regola attraverso bandi di concorso pubblici. Tuttavia è sempre possibile una trattativa bilaterale e diretta dove il mandatario presenta offerte adeguate ai bisogni del committente. Le attività più importanti riguardano i settori dell'energia, della salute pubblica, degli armamenti e della cooperazione allo sviluppo.

Settori principali e budget
Il Messaggio “FRT” del Consiglio federale concernente il promovimento dell’educazione, della ricerca e della tecnologia negli anni 2004–2007 prevede un budget complessivo di oltre 600 mio fr. Le attività principali sono riunite in 12 settori politici; per una descrizione dettagliata dei contenuti per ogni settore ed i relativi contatti vedi le pagine specifiche.

Settore politico	mio. frs. 2004–2007	Osservazioni
1 Sanità	67,5	Non sono incluse le risorse destinate ai centri nazionali di riferimento (12 mio) né alla valutazione (10 mio).
2. Politica sociale	18,4
3. Ambiente	96	Compreso il sostegno delle tecnologie ambientali (16 mio.)
4. Agricoltura	25	Compresi 20 milioni di franchi per l’Istituto di ricerca in agricoltura biologica di Frick. Anche le sei Stazioni federali di ricerche agronomiche, che funzionano quali unità GEMAP, fanno parte del settore. La parte del loro budget destinata alla ricerca è di 271 milioni di franchi.
5. Energia	180	È incluso il sostegno degli impianti pilota e di dimostrazione (P+D) per un totale di 60 milioni di franchi, integralmente comprese nel programma SvizzeraEnergia.
6. Ordinamento sostenibile del territorio e mobilità	17
7. Sviluppo e cooperazione	48	Questo importo comprende i mandati finanziati dalla DSC per la ricerca concernente la concezione, l’attuazione o la valutazione di politiche e attività di partner al Sud e all’Est. I contributi a programmi di ricerca internazionali e al potenziamento di capacità di ricerca nei Paesi partner (nel quadro di partenariati scientifici Nord-Sud) ammontano a 192 milioni di franchi.
8. Politica di sicurezza e pace	88,9	.
9. Formazione professionale	20	.
10. Sport e movimento	15,2	.
11. Trasporti e sostenibilità	39,1	.
Totale	615,1	.

A parte i progetti di ampio respiro (in particolare nell'agricoltura, in ambito militare e nello sviluppo e cooperazione) che assorbono ingenti risorse sull'arco di tempi molto lunghi, la maggioranza dei progetti di ricerca dura meno di due anni e il budget si aggira sui 100'000.-.
Le commesse più importanti provengono dagli Uffici federali dell'energia e della sanità pubblica, dalla Direzione dello sviluppo e della cooperazione e dall’aggruppamento dell'armamento. Questi erogano annualmente circa 60 milioni di franchi per dei mandati di ricerca spesso rivolti a favore delle università e delle scuole universitarie professionali svizzere. Degli 84,5 milioni di franchi investiti nel 2002 dall'Amministrazione federale per la ricerca, 29,7 milioni sono andati direttamente all'economia privata. Di seguito la ripartizione del budget per i mandati secondo il volume per unità dell’amministrazione federale.